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第一，在肝微粒体、肝细胞体外代谢模型中，孵育时间需设置合理，这个合理是基于人体肝微粒体或者肝细胞稳定性的结果而设定的。如果体系孵育时间过长或过短，则可能引起代谢产物种类和量偏少或偏多，这对最终判定一个代谢产物的比例或结果起绝对性的一个作用。
第二，在体外和体内代谢产物鉴定试验中，如有紫外检测器和质谱检测器数据，通常需要把两者结合在一起分析，大部分情况下两者的信号能够匹配。但是紫外检测器和质谱检测器的特点不同，质谱检测器相对而言灵敏度更高。而对一些含量相对比较低的代谢产物，紫外检测器可能检测不到。
第三，在代谢产物的结构、母核类似的情况下，代谢产物间的紫外强度数据可能比质谱检测数据更可靠。
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