双靶点CAR-T的脱靶检测可采用多种方法，包括MPA试验、组织交叉反应（TCR）和体外细胞杀伤试验等。其中，以MPA试验为例，其检测流程需根据双CAR的结构策略来进行抗体的合成和开展MPA试验。原则上，用于MPA检测的抗体应尽量反映T细胞表面表达的CAR真实结构。
例如，如果双CAR是串联在一起的，即它们形成了一个二价串联抗原识别结构，那么可以合成一个类似的二价串联抗体进行MPA检测，来评估CAR-T对不同抗原的特异性结合能力，从而判断其是否存在脱靶效应。如果双CAR是分开的，那么需要分别针对每个靶点分别合成含有CAR结构的抗体，并进行两个独立的MPA检测。
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